Se puede clasificar el trabajo investigador realizado sobre URDAIBAI en tres grupos-marco principales interrelacionados entre sí y que, a su vez, se subdividen en varias líneas de investigación. Son las siguientes:
GRUPO A: "Análisis de los sistemas ecológicos y paisajísticos":
* Estudio y evaluación de la diversidad biológica, paisajística y de su percepción.
* Alteraciones del medio. Contaminación, evaluación y efectos. Restauración.
* Modelización del funcionamiento de los diferentes ecosistemas.
* Arqueología, historia...
GRUPO B: "Sustentabilidad y desarrollo":
* Indicadores de sustentabilidad.
* Modelos de gestión del territorio.
* Fórmulas de implantación de un modelo de desarrollo sostenible en la Reserva de la Biosfera.
* Implantación, seguimiento y evaluación de los planes de gestión.
* Dinamización social, haciendo especial hincapié en la educación ambiental.
* Resolución de conflictos sociales en materia de medio ambiente.
GRUPO C: "Gestión y administración":
* Implantación, seguimiento y evaluación de los planes de gestión.
* Dinamización social, haciendo especial hincapié en la educación ambiental.
* Resolución de conflictos sociales en materia de medio ambiente.
