URDAIBAI es un ejemplo excepcional de cómo a lo largo de millones de años la corteza terrestre ha sufrido plegamientos y fracturas debidas a la acción de las fuerzas procedentes de la actividad magmática interior que aún están activas en el interior de la Tierra. La erosión provocada por los agentes atmosféricos y otros fenómenos superficiales también han colaborado en la formación del actual paisaje de la Reserva de la Biosfera. La historia geológica de URDAIBAI es compleja y rica. En esta comarca encontramos, por ejemplo, los únicos afloramientos del Jurásico en Bizkaia.