La Reserva de la Biosfera de URDAIBAI posee un valor naturalístico de primer orden, especialmente si lo comparamos con otras comarcas cantábricas en las que el desarrollo industrial acarreó una fuerte degradación del entorno. Podemos agrupar las áreas de interés ecológico y naturalístico en cuatro:
Zonas húmedas ligadas a la ría de Mundaka.
Los encinares cantábricos.
La línea de costa.
La campiña atlántica.
A esto hay que añadir un innegable interés paisajístico debido a la gran variedad y riqueza de los paisajes litorales y de interior.