Tras la declaración del territorio de URDAIBAI como Reserva de la Biosfera por la UNESCO, el Parlamento Vasco aprobó la Ley 5/1989 de Protección y Ordenación de dicho espacio.

Como instrumento de desarrollo de esta ley se aprobó el Plan Rector de Uso y Gestión (P.R.U.G.) para proteger y recuperar el conjunto de ecosistemas de la Reserva de la Biosfera (Decreto 242/1993, de 3 de agosto).

En 1998 se aprueba el Programa de Armonización y Desarrollo de Actividades Socioeconómicas (P.A.D.A.S.) que, al igual que el P.R.U.G., es un instrumento de desarrollo normativo distado en el desarrollo de la Ley de Protección y Ordenación (Decreto 258/1998, de 29 de septiembre).

En el año 1997, el Pleno del Patronato aprobó el Plan de Manejo para la Interpretación, Investigación y la Educación Ambiental.

En 2004 se aprueba el Plan de Acción Territorial de encinares cantábricos de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai.