El 6 de julio de 1989, el Parlamento Vasco aprobó por unanimidad la Ley 5/1989 de Protección y Ordenación de la Reserva de la Biosfera de URDAIBAI (B.O.P.V. nº 145, de 29 de julio de 1989), estableciendo un régimen jurídico especial al primer espacio protegido de la Comunidad Autónoma de Euskadi "en razón de su interés natural, científico, educativo, cultural, recreativo y socioeconómico". Esta ley no se limita a la protección de los espacios mejor conservados, sino que también contempla medidas para favorecer el desarrollo sostenible de la comarca mediante, por ejemplo: la ordenación del territorio, la gestión ambiental, el Plan Rector de Uso y Gestión (P.R.U.G.), la participación local en un Patronato y con un Director-Conservador, y el Programa de Armonización y Desarrollo de la Actividades Socioeconómicas (PADAS). La Ley de URDAIBAI calificó como Áreas de Especial Protección la ría, el litoral, los encinares cantábricos y los yacimientos arqueológicos.