La couverture végétale s’est transformée au fur et à mesure des évolutions et des utilisations du sol, produisant ainsi une réduction draconienne de la présence d’écosystèmes originaux et naturels au cours des cinq siècles derniers. Néanmoins, en même temps que la zone se déboisait, l’empreinte de l’être humain a élaboré une précieuse mosaïque de prés, de petits bois, de taillis et de «caseríos» très intéressante et productive. Ainsi, des plantations forestières modernes occupant 60% du territoire, dominent actuellement le paysage de la Réserve de la Biosphère.

À URDAIBAI nous pouvons distinguer 25 unités différentes de végétation, que nous regrouperons en 8 secteurs homogènes : cinq communautés naturelles ou spontanées (forêts touffues, taillis et landes, rochers, végétation aquatique et végétation des sols sablonneux des côtes), et trois autres secteurs, où l’action continue de l’être humain est indispensable pour leur développement et leur entretien (plantations forestières, prairies, cultures et autres zones recouvertes de végétation classifiée). Seulement dans le groupe des plantes vasculaires ou supérieures, 615 espèces ont été décrites et cataloguées.

Les chênaies cantabriques ont une valeur spéciale, en effet, elles sont considérées comme les forêts littorales de ce type les plus importantes d’Euskadi. Il s’agit de formations végétales d’arbres à feuilles persistantes de grand intérêt botanique – plus caractéristiques du climat méditerranéen – et de grande richesse florale. Ce sont des bois fermés et de difficile accès ce qui a permis la survie de diverses espèces de la faune. Pour toutes ces raisons, elles sont classées dans la catégorie des zones de protection spéciale.

D’autre part, la rareté et la singularité de la végétation des marais et la possibilité d’observer à URDAIBAI un zonage basé sur les différentes variétés de fleurs, représentent une ressource naturelle et scientifique qui a été reconnue y compris dans le milieu international et qui est protégée par la loi d’URDAIBAI dans la zone de protection spéciale de la «ria »