Devónico

Del Devónico al Eoceno Inferior (desde hace 380 millones de años hasta hace 55 millones de año), Euskal Herria es una amplia cuenca que reposa bajo un mar de escasa profundidad, predominando los fenómenos de sedimentación. Hace 300 millones de años ocurre la Orogenia Hercínica, los materiales devónicos son levantados, dando lugar a las primeras tierras emergidas: el macizo paleozoico de Cinco Villas, en el entorno de Aiako Arria.
Poco después, magma granítico procedente de capas profundas asciende y penetra en el macizo, originando un batolito o masa granítica de intrusión que formará más tarde Aiako Harria. En el resto del territorio predominan los fenómenos de erosión y arrastre de cantos rodados y arenas. Hace 55 millones de años, los sedimentos acumulados en la plataforma continental precipitan hacia zonas más profundas a través de los cañones submarinos, estos materiales serán el origen del futuro monte Jaizkibel.

Eoceno Superior (hace 40 millones de años): Se produce la Orogenia Alpina: Las placas Ibérica y Europea chocan y elevan la cadena pirenaica. Se eleva el conjunto Cinco Villas-Aiako Harria y emerge Jaizkibel. Se forma la cuenca del Bajo Bidasoa

Oligoceno

Oligoceno-Mioceno (hace 25 millones de años): Se erosionan y rebajan los materiales entre Jaizkibel y Aiako Arria, formándose la actual cuenca del valle de Jaizubia. El Bidasoa comienza a formar la típica llanura de aluvión, adoptando meandros.

Plioceno

Plioceno (hace 5 millones de años): El estuario del Bidasoa alcanza su forma definitiva, debido al arrastre y acumulación de materiales del rio y a la acción erosiva del mar sobre la linea costera.

Cuaternario

Cuaternario (hace 1,6 millones de años): Se suceden diferentes ciclos climáticos, alternando periodos de calentamientos y glaciaciones, con variaciones en el nivel marino, que establece su cota actual hace unos 5.000 años. Se origina el paisaje que hoy conocemos.