Hasta Mediados del Siglo XX
Se calcula que fue en la Edad Media cuando comenzó a ocuparse el estuario, siendo la agricultura extensiva la principal actividad desarrollada.

El espacio para el cultivo se conseguía mediante la construcción de lezones que aislaban la tierra de la influencia de la marea, para luego ser drenada y finalmente cultivada, sacando provecho de la riqueza de este tipo de tierra.

Además de la agricultura, los habitantes de Txingudi no pasaron por alto la riqueza faunística del lugar, siendo la caza y la pesca también actividades muy importantes en esta época.

Los puentes y la gabarra facilitaban el movimiento humano dentro del estuario y los molinos de marea aprovechaban su energía.
Hasta la Década de los 70
A mediados del siglo XX la trasformación de la marisma se intensifica. El desarrollo urbano e industrial supone la ocupación de tierras agrícolas y la degradación de zonas de gran valor natural.

El paisaje sufre bruscas alteraciones en un corto periodo debido al cambio acelerado de las actividades económicas y la planificación que se lleva a cabo resulta incompatible con la conservación del entorno

A Partir de la Década de los 70
Fueron los observadores de aves, a mediados de los 70, los que dieron a conocer la riqueza faunística de Txingudi.

Alentados por la información que se iba obteniendo y por la creciente sensibilización social hacia el medio ambiente, el Gobierno Vasco promueve en 1983 un extenso estudio del Bajo Bidasoa, que confirma el interés naturalístico del área. El movimiento ecologista, encabezado por "Txingudiren Aldeko Koordinadora", a través de campañas de sensibilización reclama la protección y recuperación del estuario. Este conjunto de fuerzas en el mismo sentido, propicia que el Gobierno Vasco asuma con firmeza el compromiso, redactando con el apoyo de los Ayuntamientos de Hondarribia e Irun el Plan Especial de Protección y Ordenación de los Recursos Naturales del Área de Txingudi.

De este modo se reinvierte, en los espacios integrados en este plan, la tendencia destructiva protegiéndose las zonas de marismas y riberas que persistían, e iniciándose la restauración ambiental de las áreas degradadas. Aún así, en otras zonas del estuario aún continúa la inercia de comportamientos perjudiciales para la conservación de los valores naturales. Paralelamente a la protección y restauración del estuario, han surgido nuevos usos humanos ligados al disfrute de la naturaleza.

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