Las diferencias entre las dos vertientes del País vasco se extrapolan, lógicamente, a la flora, dominando al norte las plantas de distribución general eurosiberiana y al sur las de distribución mediterránea. El elemento corológico europeo se extiende por la Península Ibérica y está bien representado en la Cornisa Cantábrica. Junto a las plantas propiamente centroeuropeas, en la zona más lluviosa y menos fría, cerca de la costa, se extiende un elemento particular, el atlántico. En el otro extremo, el valle del Ebro ha actuado como importante vía de penetración y asentamiento de las especies mediterráneas y, aunque en su límite septentrional, el País Vasco, atesora buena parte de las plantas características de las regiones ribereñas de este mar. No obstante, la frontera entre ambos reinos no está siempre bien definida. Se dan casos paradójicos como el de los encinares cantábricos o los helechos macaronésicos, reliquias de épocas pretéritas con climas diferentes al actual. En lo que se refiere a los endemismos, aunque no faltan claros ejemplos en géneros más o menos estabilizados: Arenaria vitoriana, Armeria euskadiensis, Geranium endressii, Saxifraga hariotii, etc., son sobre todo frecuentes en aquellos grupos que muestran una actividad evolutiva mayor, como Alchemilla, Hieracium, Rubus, Taraxacum, etc. En 1999 se realizó un estudio pormenorizado sobre la "Flora del País Vasco y Territorios limítrofes", que incluye tanto un catálogo de las especies actualmente conocidas en este ámbito como una Clave ilustrada para su identificación. Se han identificado un total de 3.063 especies, agrupadas en 873 géneros y 158 familias diferentes.