  En el País Vasco se tiene conocimiento de la presencia de las siguientes especies de Interés comunitario. De todas ellas solamente el invertebrado Rosalia alpina es prioritario. La catalogación que se indica corresponde al Catálogo Vasco de Especies Amenazadas.
MAMÍFEROS
 Galemys pyrenaicus (Desmán del Pirineo): En peligro de extinción
Rhinolophus euryale (Murciélago mediterráneo de herradura): En peligro de extinción
Rhinolophus ferruequinum (Murciélago grande de herradura): Vulnerable
Rhinolophus hipposideros (Murciélago pequeño de herradura): Vulnerable
Barbastella barbastellus (Murciélago de bosque): Vulnerable
Miniopterus schreibersi (Murciélago de cueva): Vulnerable
Myotis bechsteini (Murciélago de Bechstein): En peligro de extinción
Myotis blythi (Murciélago ratonero pequeño): Vulnerable
Myotis emarginatus (Murciélago de Geoffroy): Vulnerable
Myotis myotis (Murciélago ratonero grande): Vulnerable
Lutra lutra (Nutria): En peligro de extinción
Mustela lutreola (Visón europeo): En peligro de extinción
REPTILES
 Lacerta schreiberi (Lagarto verdinegro): Interés especial
Mauremys leprosa (Galápago leproso): Vulnerable
Emys orbicularis (Galápago europeo): Vulnerable
PECES (Aguas continentales)
 Alosa alosa (Sábalo): Vulnerable
Salmo salar (Salmón): No amenazada
Chondrostoma toxostoma (Loina o madrilla): No amenazada
Rutilus arcasii (Bermejuela): No amenazada
Petromyzon marinus (Lamprea): No amenazada
 PLANTAS
Culcita macrocarpa: Vulnerable
Trichomanes speciosum: Interés especial
Woodwardia radicans: Interés especial
Soldanella villosa: Rara
Narcissus pseudonarcissus ssp. Nobilis: Interés especial
Narcissus asturiensis: Interés especial
INVERTEBRADOS
Austropotamobius pallipes (cangrejo autóctono)
Elona quinperiana (caracol de Quimper)
 Euphydryas aurinia (lepidoptero diurno)
Eriogaster catax (lepidoptero nocturno)
Coenagrion mercuriale (caballito del diablo)
Lucanus cervus (ciervo volador)
Cerambyx cerdo (cerambícido)
Rosalia alpina (cerambicído)
Macromia splendens (Libélula)
Geomacalus malacosus (Gasterópodo)
Oxygastra curtisii (Libélula)
Osmoderma eremita (Cetónido)
Callimoropha quadripunctaria (Lepidóptero diurno)
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