El programa requiere una organización propia integrada en la estructura de la escuela. Son fundamentales las siguientes estructuras y responsables: 

• Coordinador o coordinadora, responsable de poner en marcha el proyecto y hacer su seguimiento.
  
  
• Grupo dinamizador, formado por profesores y profesoras y representación de la dirección.  Se ocupa de la organización y dinamización cotidianas del proyecto.
  
  
• El comité ambiental, órgano de participación de la comunidad educativa en el que toman parte representantes de todos los estamentos. Acuerda las principales líneas de actuación  del programa (planificación, plan de acción, evaluación...).
  
  
• Las reuniones de coordinación, espacios de cooperación entre los centros educativos. En ellas se reúnen las personas que realizan las labores de coordinación, asesoría de Ingurugela y de la empresa ambiental.