Bizkaiko itsasoko gainerako estuarioetan bezala, Urdaibai uretako hegazti migratzaileentzat babes garrantzitsua da, bai negupasarako eta bai migrazioetako egonaldietarako. Estuarioa nazioarterako ere garrantzitsua delako,
hegaztientzako Babes Bereziko Eremu (BBE) eta RAMSAR Gune izendatu zuten. Era berean, Urdaibaiko Biosfera Erreserba Erabili eta Kudeatzeko Plan Gidariak balio ekologiko handia aitortzen dio, itsasbazterrarekin eta artadiekin
batera Babes Bereziko Eremutzat hartzen duelako.