En las Directrices de Ordenación Territorial se determina que "los espacios relacionados sólo tendrán la consideración de la Categoría de Especial Protección cuando así lo establezcan los correspondientes Planes Territoriales Parciales o el Planeamiento municipal".

El listado de Areas de Interés Naturalístico es el siguiente:

Peñas de Ranero-Los Jorreos(Bizkaia)

Izki  (Araba)

Pagoeta  (Gipuzkoa)

Aizkorri  (Araba y Gipuzkoa)

Entzia  (Araba)

Gaztelugatxe-Matxitxako (Bizkaia)

Gorliz-Armintza (Bizkaia)

Armintza-Bakio (Bizkaia)

Monte y acantilados de Otoio (Bizkaia)

Area de Zierbena (Bizkaia)

Marismas de Pobeña y Playa de la Arena  (Bizkaia)

Vaguadas costeras Mendexa-Berriatua (Bizkaia)

Montes de Ordunte  (Bizkaia)

Monte Jaizkibel  (Gipuzkoa)

Marismas y terrazas de Bidasoa (Gipuzkoa)

Acantilados de Ulia (Gipuzkoa)

San Antón de Getaria (Gipuzkoa)

Acantilados de Mutriku-Saturraran (Gipuzkoa)

Arroyos de Mendizorrotz (Gipuzkoa)

Punta Aitzuri-Zumaia (Gipuzkoa)

Desembocadura del Urola (Gipuzkoa)

Dunas y Ria de Inurritza (Gipuzkoa)

Garate-Santa Barbara (Gipuzkoa)

Monte Arno-Olatz (Gipuzkoa)

Embalse de Aginaga (Gipuzkoa)

Monte Andutz (Gipuzkoa)

Marisma del Oria (Gipuzkoa)

Izarraitz  (Gipuzkoa)

Valle de Haranerreka (Gipuzkoa)

Atxulondo-Abaloz (Gipuzkoa)

Adarra-Usabelartza (Gipuzkoa)

Hernio-Gaztume  (Gipuzkoa)

Karakate-Irukurutzeta-Agerre Buru (Gipuzkoa)

Murumendi (Gipuzkoa)

Valle del Araxes-Jazkugañe y Basabe  (Gipuzkoa)

Monte Gorostiaga (Gipuzkoa)

Hayedo de Albinagoia (Araba)

Robledales de fondo de valle de Zuia (Araba)

Robledal del Monte Godamo (Araba)

Robledal de Luzuriaga  (Araba)

Robledal de Arzubiaga(Araba)

Robledal de Mezquia  (Araba)

Robledal de Añua  (Araba)

Lago de Arreo (Araba)

Laguna de Olandina (Araba)

Quejigal del Cerro La Solana (Araba)

Carrascales de Cripán (Araba)

Carrascal de Navaridas (Araba)

Pinar de Dueñas (Araba)

Coscojal de Laserna (Araba)

Udalaitz (Bizkaia y Gipuzkoa)