La creación de la Red Natura 2000 es una empresa de gran alcance que requiere, por una parte, la participación de los 15 Estados miembros de la UE y, por otra, una selección estricta de lugares a escala comunitaria. Para llevar a cabo esta operación, la Comisión Europea establece tres fases:

Fase Previa: Preparación de las listas nacionales

Cada Estado miembro debe realizar una evaluación científica precisa de todos los hábitats y especies de interés comunitario. Sobre esa base se localizan los lugares importantes y se proponen en una Lista Nacional que se presenta a la Comisión europea. Los lugares se someten a una evaluación previa en base a su representatividad, calidad ecológica, rareza, superficie, etc.

Fase de Concertación: Determinación de los Lugares de Importancia Comunitaria (LIC)

En esta fase se determinan los Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) que integrarán la Red Natura 2000. Todos los lugares propuestos en las Listas Nacionales se evalúan conforme a su valor relativo bajo criterios comunes.

Fase Final: Designación de las Zonas Especiales de Conservación (ZEC)

Cuando se selecciona un LIC, los Estados miembros tienen la obligación de designarlo como Zona Especial de Conservación (ZEC) en el plazo de seis años, a la vez que se establecen las medidas necesarias para proteger y gestionar dichos lugares.

Por su parte, la Directiva de Aves dispone también la designación de lugares para conservar las especies de aves más amenazadas y de las especies migradoras. La protección se extiende no sólo a dichas especies, sus huevos y sus nidos, sino también a los hábitats que ocupan, concediendo especial importancia a la protección de los humedales. Los Estados Miembros designan las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) en una sola etapa y éstas se integran directamente a la Red Natura 2000.