La migración es un fenómeno periódico que se repite en determinados momentos del año; las aves abandonan sus áreas de cría para dirigirse a las de invernada en otoño -migración post-nupcial o "pasa"-, y retornan en primavera -migración pre-nupcial o "contrapasa".
Las aves migradoras representan el 90% de las especies observables en Txingudi. En el estuario, las aves nidificantes suponen menos del 20% del total; ampliando el ámbito a los montes y valles circundantes, este porcentaje crece hasta el 40%. Ello denota la enorme importancia del estuario como receptor de multitud de aves migradoras en busca de áreas de reposo y alimentación.
Txingudi sintetiza en un reducido espacio las características geográficas generales que conceden importancia a Euskal Herria en el contexto migratorio; ubicado en las faldas del Pirineo occidental y bañado por el Golfo de Bizkaia, se encuentra en el centro neurálgico del territorio que recibe al flujo migrante, recogiendo tanto los efectivos de aves continentales que evitan la cadena pirenaica, como la corriente de aves marinas y acuáticas que migran siguiendo la línea costera; la representación gráfica más intuitiva es un embudo que concentra un aporte abundante y disperso.
Txingudi recibe mayoritariamente aves acuáticas (garzas, espátula, anátidas, limícolas, paseriformes de carrizal y otras) que utilizan el humedal como estación de parada.
Del mismo modo, Txingudi es testigo del paso abundante de aves terrestres, alcanzando gran intensidad con meteorología desfavorable: innumerables paseriformes surcan en otoño y primavera los cielos del estuario y su comarca, muchos de ellos invernan en el área; el paso de grandes veleras como las rapaces, cigüeñas y grullas, sin llegar a las cotas de los collados navarros, se hace notar con profusión.
Sumemos a todo ello un importante capital de especies marinas migratorias (colimbos, somormujos, cormoranes, alcatraces, petreles, patos marinos, gaviotas, charranes, págalos y álcidos) y obtendremos las bases que explican la elevadísima diversidad ornítica registrada.
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