La Pradera
 Las praderas son ecosistemas de transición, que en Plaiaundi se conservan mediante la siega. El tipo de pradera depende del suelo y de la frecuencia de la siega.
La Charca
 En Plaiaundi, hay lagunas de aguas dulces permanentes y charcas temporales. Estas últimas ocupan depresiones poco profundas del terreno y están alimentadas por las lluvias, pudiendo llegar a secarse en verano. Por ello, es un medio muy dinámico, con bruscas alteraciones en la cantidad, temperatura y oxigenación del agua.
La Aliseda y el Bosque Mixto
 La aliseda se desarrolla en suelos llanos y encharcadizos, siempre fuera del alcance de la marea. La especie dominante es el aliso (Alnus glutinosa), acompañado por otras como fresno, chopo negro, diversos sauces, cornejo o arraclán. Puede vivir en suelos pobres en nutrientes, gracias a la asociación con una bacteria que le ayuda a "atrapar" el nitrógeno atmosférico, enriqueciendo el suelo.
El Seto y el Zarzal
 En Plaiaundi, los setos protegen (visual y acústicamente) a la fauna de la presencia de los visitantes, formando a menudo pantallas en torno a las lagunas.
El Carrizal
 En suelos húmedos o inundados, con escasa influencia de las mareas, la formación característica es el carrizal, masa densa de elevado porte (2.5-3 m) formada por una sola especie: el carrizo (Phragmites australis).
Las Compuertas
 Las lagunas de San Lorenzo y Txoritegi están comunicadas con la bahía a través de compuertas, que permiten regular la influencia de la marea dentro de las lagunas.
Con el manejo de las compuertas, en San Lorenzo se favorece una escasa diferencia entre la pleamar y la bajamar, manteniendo una escasa profundidad y limos al descubierto.
Los limos
 Los limos son la acumulación de pequeñas partículas transportadas por el río y sedimentadas en la bahía, que quedan al descubierto en la pleamar. Las partículas están tan juntas que impiden la entrada de oxígeno. Solo algunas bacterias pueden vivir en el interior, obteniendo energía mediante reacciones químicas, que originan como residuo gas metano, culpable, junto con la contaminación, del característico mal olor.
Marisma de Itzaberri
 Itzaberri es una playa abierta dominada por las mareas. La pleamar deja al descubierto sólo las islas y los postes, donde se concentran las aves a descansar a la espera de la próxima bajamar, cuando se asomarán los limos donde alimentarse.
Laguna de Agua Dulce
 La laguna dulce se alimenta de las lluvias, y gracias al aporte del subsuelo (acuífero) y a su profundidad media (un metro) mantiene agua durante todo el año.
Especies Invasoras
 Muchas especies exóticas comercializadas se asilvestran, convirtiéndose en invasoras por su carácter dominante, desplazando a la fauna y flora local y creando graves problemas ecológicos.
En Plaiaundi, las especies de flora invasora más problemáticas son el carrizo de la pampa (Sudamérica), Baccharis halimifolia (USA) y Buddleja davidii (China). Tienden a adueñarse del suelo y expulsan a la flora local.
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