Antiguamente, la regata de Jaitzubia formaba un complejo entramado de islas y canales antes de desembocar en la bahía, con una considerable extensión de zona marismeña. A partir del siglo XVIII gran parte de este enclave es trasformado para cultivo, aislando a través de lezones las tierras antes inundadas. Por suerte, la fuerte urbanización y construcción de infraestructuras que se da en otros espacios de Txingudi no afectan de manera importante a esta zona, conservándose zonas de cultivo y prados hasta nuestros días.
Con la aprobación del Plan Especial de Protección y Ordenación de los Recursos Naturales del Área de Txingudi, en la parte correspondiente al municipio de Hondarribia (año 2001), se protegen 70,4 hectáreas de la vega de Jaizubia, de las que 38,1 son de Protección Especial y el resto de Protección Agrícola, contemplándose también futuras obras de restauración. Esta restauración se realiza en 2004 actuándose sobre 25 hectáreas, recuperando antiguas zonas marismeñas y configurando también humedales de agua dulce. Además, se han habilitado senderos y un mirador panorámico, ubicado sobre un antiguo bunker, desde los que podemos disfrutar de este espacio de gran importancia ecológica y paisajística, en el que se conservan los carrizales más extensos de Gipuzkoa.
Jaitzubia representa, además, la única muestra en Txingudi de la transición natural desde el río hasta el mar, constituyendo un "pasillo verde" que comunica las marismas del Bidasoa con el monte Jaizkibel. La vega de Jaitzubia forma parte del conjunto de las marismas de Txingudi designadas como Humedal de Importancia Internacional por el Convenio de RAMSAR, y como Zona de Especial Protección para las Aves y Lugar de Importancia Comunitaria de la Red Europea Natura 2000. Para la observación de aves, Jaitzubia y el cercano Parque Ecológico de Plaiaundi (dotado de un centro de visitantes), son lugares privilegiados al contar tanto con lagunas de agua dulce como con humedales alimentados por las mareas.
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