La comarca del Bajo Bidasoa está delimitada por la cuenca hidrográfica que vierte al estuario: al río Bidasoa hemos de sumar otros cauces menores como los arroyos y regatas de Jaizubia, Olaberría e Ibarrola.

El resultado es un conjunto formado por el estuario, los valles donde se asientan las poblaciones y los montes circundantes. Al sur, se encuentra el macizo de Cinco Villas-Ahiako Harria, al oeste la cadena costera de Jaizkibel, al norte el Golfo de Bizkaia, y al este el flysch cretácico costero y los valles y colinas triásicos de Hendaia y Biriatu.
Así, en un corto recorrido, es posible comenzar en los relieves montañosos de Aiako Harria, Jaizkibel o Txoldokogaina, descender a través de valles y colinas de suave y ondulada topografía, y terminar en la gran llanura aluvial del estuario.

El paisaje carácterístico varía con cada una de las unidades descritas. De este modo, las zonas de mayor cota acusan la deforestación y presión ganadera sufrida durante siglos, mostrando grandes superficies de pastizal montano y brezal argomal, testigos de antiguos bosques de frondosas. El piedemonte formado por una sucesión ininterrumpida de valles y colinas, es ocupado tradicionalmente por la unidad agrícola característica: el caserío, protagonista junto con los cultivos atlánticos, prados, bosquetes, setos y plantaciones de coníferas del llamado paisaje de campiña.

Finalmente las inmediaciones del estuario han servido para albergar a las poblaciones de Irún, Hondarribia y Hendaia, presentando en la actualidad un entorno sumamente alterado, donde la marisma original sobrevive en fragmentos frecuentemente aislados entre sí.