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La elaboración de estudios e informes y de planes y estrategias dirigidos a la conservación y protección de la biodiversidad y al uso sostenible de sus recursos.
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La planificación sectorial de las zonas de alto valor ecológico y de los ecosistemas sensibles.
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Ordenar los recursos naturales, en los ámbitos terrestre y marino, de la Comunidad Autónoma del País Vasco.
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Elaborar, tramitar y revisar los planes de ordenación de los recursos naturales, de conformidad con lo dispuesto en la Ley 16/1994, de 30 de junio, de Conservación de la Naturaleza del País Vasco.
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Promover la declaración de espacios naturales protegidos.
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Proponer y gestionar las Zonas de Especial Protección que se integren en la Red ecológica europea "Natura 2000", sin perjuicio de las competencias de los órganos forales de los Territorios Históricos en la gestión de los espacios naturales protegidos a que se refieren los artículos 13 y 25 de la Ley 16/1994, de 30 de junio, de Conservación de la Naturaleza del País Vasco.
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Realizar las acciones necesarias para el cumplimiento de los objetivos de la Red de Espacios Naturales Protegidos, de conformidad con lo previsto en el artículo 11 de la Ley 16/1994, de Conservación de la Naturaleza del País Vasco.
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Gestionar el Registro de la Red de Espacios Naturales de la Comunidad Autónoma del País Vasco.
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El ejercicio de actuaciones en desarrollo de las previsiones contenidas en el Plan especial de ordenación y protección de la Bahía de Txingudi.
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El impulso y coordinación de la gestión de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai.
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Promover y velar por la ejecución de las acciones necesarias para el cumplimiento de las determinaciones previstas en la Ley 5/1989, de 6 de junio, de Protección y Ordenación de la Biosfera de Urdaibai y su normativa de desarrollo.
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Gestionar del Catálogo Vasco de Especies Amenazadas de la Fauna y Flora, Silvestre y Marina, y elaborar los planes de gestión de las mismas, en coordinación con las Diputaciones Forales, de acuerdo con lo dispuesto en el artículo 50.3 de la Ley 16/1994, de Conservación de la Naturaleza.
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La elaboración de planes de educación, formación y sensibilización en el ámbito medioambiental, en coordinación con la Dirección de Servicios.
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La gestión de la información medioambiental, conformando una base de datos ambientales.
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Garantizar un nivel adecuado de protección en la esfera de la transferencia, manipulación y utilización seguras de los organismos modificados genéticamente.
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Aprobar los proyectos y ejecutar o impulsar la ejecución de las obras de restauración de humedales, de conformidad con lo establecido en el PTS de zonas húmedas de la CAPV.
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Apoyo técnico y secretariado de la Comisión Ambiental del País Vasco, del Consejo Asesor de Medio Ambiente del País Vasco, del Consejo Asesor de Conservación de la Naturaleza-Naturzaintza, del Patronato y Consejo de Cooperación de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai.
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Impulsar la Agenda Ambiental Escolar XXI en los centros educativos vascos en coordinación con el Departamento de Educación, Universidades e Investigación.
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La elaboración de proyectos normativos en materias propias de la Dirección, en coordinación con la Dirección de Servicios.
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El desarrollo y la aplicación de instrumentos de política ambiental en las áreas funcionales de la Dirección.
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Promover la formación ambiental dirigida al personal al servicio de las Administraciones Públicas vascas en coordinación con el Departamento de Hacienda y Administración Pública.
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Y todas aquéllas que les atribuya el Ordenamiento Jurídico.