Ubarroi mottoduna CENEAM-O.A. Parques nacionales. Jorge Remacha.

Itsasadarren barrualdean itsas hondoa eratzen duten materialak bigunak izan ohi dira, hondarra edo lohia bereziki. Bertan ornogabeak izaten dira nagusi, batez ere moluskuak eta krustazeoak. Uraren gazitasun bereziaren eraginez estuarioko arrain fauna oso espezifikoa da: aingirak, korrokoiak eta platuxak besteak beste.

Ongi kontserbatuta dauden itsasadarretan, ornogabe eta arrain horiek hainbat hegaztiren janari izaten dira, batez ere hegazti migratzaileenak. Euskal Herriko estuarioetan gehien agertzen diren hegaztiak zangaluzeak, lertxunak eta anatidoak izan ohi dira, eta denboralea dagoenean itsasadarretan eta badietan babes bila joaten diren itsas hegaztiak ere bai.

Kostaldeko zona irekietan, berriz, batez ere krustazeoak eta moluskuak izaten dira, izan ere horiek baitira, ekinodermoekin batera, olatuek astindutako eremuetako animaliarik ohikoenak. Arrain fauna ugariagoa da, gazitasun aldaketaren eragina txikiagoa baita ibaia eta itsasoa elkartzen diren ibai bokaleetan baino.
Itsasertz harritsuko beste animali talde esanguratsua hegaztiena da. Hegaztiak hara joaten dira janari bila eta itsaslabarreko egitura trinkoa bada, bertan egiten dute habia. Euskal Herriko itsas labarretan egiten dute habia, besteak beste, honako hegaztiek: ubarroi mottodunak, ekaitz txori arruntak edo kaio hauskarak.
Gainera, batzuetan portuetan eta harribilezko hondartzetan foka bakartiak ere ikus daitezke, Europako iparreko kolonietatik foka gazteak asko sakabanatzen baitira. Pazientzia pixka batez Higer edo Matxitxakoko lurmuturretatik zetazeoak ere ikus daitezke, besteak beste izurde arrunta eta marraduna, izurde pilotua edo zerea.

Itsas anemona A. Bayo

Kutsadurak eta giza jarduerek habitatak okupatu izanak estuarioko komunitate ekologikoak guztiz eraldatzea ekar dezake. Ibaizabal edo Oiartzun itsasadarrak ia osotasunean kanalizatuta daude eta hainbat iturburutako hondakin urak jasotzen dituzte. Leku horietan estuarioko ohiko flora eta fauna desagertu egin da, edo, bestela, zikinkeriaren adierazgarri animalia eta landareak agertzen dira: arratoiak, korrokoiak eta ornogabe batzuk.