Algek, lehen mailako ekoizle izateagatik, zeregin garrantzitsua dute itsas ekosistemetan; izan ere, katea trofikoaren oinarri dira. Horrez gain, habitata bera eta itsasertzeko ekosistema egituratzen eta osatzen dute. Ikus dezakegunez, gure itsasertzean alga gorriak eta nabarrak dira ugarienak; horien ondotik, mosaiko itxuran banatutako alga berdeak ditugu.

Hilik aurkitutako algen kopuru handia kanpainaren garaian izaten diren ekaitz gogorren ondorio izan daiteke; hil horietan, olatuek bortizki jotzen dute gure itsasertzean, eta algak arroketatik atera eta jaulkitze-guneetan kokatzen dituzte: hondartzetan, besteak beste.

Bestalde,  banaketa jarraitua duten alga berdez estalitako gune ugari izatea elikagai (nitratoak eta fosfatoak) gehiegiren adierazle izan daiteke eta, ondorioz, nekazaritza- eta abeltzaintza ustiategien edo hiri-hondakinen kutsadurarena ere bai.  Dena den, hori ezin da orokortu,  modu naturalean elikagai ugari jasotzen dituzten guneak (estuarioak, padurak…) ere bai baitaude.

Itsas fanerogamen komunitateak hondo hareatsuetara mugaturik daude eta garrantzi ekologiko handikoak dira; izan ere produktibitate handia dute eta espezie eta ale gazte ugariren habitata eta babesgunea nahiz errute-gunea dira.

Bi unitatetan bakarrik aurkitu dira espezie inbaditzaileak; beharbada,  identifikatzen errazak ez direlako, izan ere inguru hauetan ohikoak dira. Alga horiek itsasontziek ekarri ohi dituzte kroskoetan itsatsirik nahiz lasta-uretan. Oso arriskutsuak dira, espezie autoktonoen komunitateekin lehiatu eta itsas ekosistemetan desorekak eragiten baitituzte.