EAEren kokapen biogeografiko estrategikoak erreinu eurosiberiar eta mediterranearraren artean baitago , kostaldetik hasi eta Errioxara arteko klima gradienteak eta altitudean 1.000 m baino gehiagoren aldea izateak floran eta faunan aberastasun handia sortzen dute: 3.000 landare espezie baino gehiago eta ia 400 ornodun espezie.

Espezie horietako batzuk makal daude eta, EAEko Natura Babesteko 16/94 Legean eta lege hori garatzen duten ondoz ondoko dekretuetan, EAEko Fauna eta Flora Mehatxatuaren Katalogoa egin zen. Horri esker, 136 flora taxon eta 146 fauna taxon babesturik daude gaur egun.