La principal consecuencia de los blooms de cianobacterias en las Marismas de Txingudi es la mortandad de aves acuáticas por ingesta de las toxinas disueltas en el agua dulce. Además se dan otra serie de consecuencias como son una disminución de la diversidad de los taxones que componen el sistema lagunar, la aparición de fenómenos anóxicos y, en menor medida, la apariencia y olor desagradable de la lámina de agua.