Al igual que el resto de estuarios cantábricos, Urdaibai constituye un importante refugio para las aves acuáticas migratorias, tanto en su invernada como en sus escalas temporales durante las migraciones. Como reconocimiento internacional a la importancia del estuario, éste fue declarado Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y Área RAMSAR. De igual modo, el Plan Rector de Uso y Gestión de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai reconoce su alto valor ecológico al catalogarlo, junto con el área litoral y el área de encinares cantábricos, como Zona de Especial Protección.