La eutrofización se genera como consecuencia de un exceso de nutrientes en el agua, lo que produce un bloom fitoplantónico y el crecimiento de plantas acuáticas, con un descenso en las concentraciones de oxígeno en la columna de agua, perjudicando con ello la vida de otras especies animales, disminuyendo la calidad fisico-química y microbiologica e impidiendo actividades recreativas o usos de abastecimiento.

Otro impacto sobre la biodiversidad viene dado por el efecto barrera que producen las presas, donde la funcionalidad de los ríos como corredores ecológicos naturales se pierde en gran parte.

En cuanto a la vegetación de márgenes y riberas, ha sido objeto de eliminación sistemática en numerosos tramos, como consecuencia de la ocupación producida por usos urbanísticos y obras hidráulicas "duras". De acuerdo a los estudios de calidad del bosque de ribera efectuados, basados en el cálculo del índice QBR , el grado de alteración resulta fuerte o extremo en 520 km de cursos fluviales de la CAPV (un 37% de todos los tramos analizados). La media ponderada por longitud del índice QBR calculada para todos los tramos fluviales estudiados es 59, que se sitúa en el rango de la calidad considerada aceptable.

Calidad del bosque de ribera en la CAPV

 El QBR es un índice de calidad del bosque de ribera que indica la calidad del hábitat fluvial, ya que tiene en cuenta los aspectos de cobertura, estructura y complejidad del bosque de ribera, además del grado de naturalidad del canal fluvial.