Se incluyen en este grupo las zonas húmedas actualmente afectadas por la declaración comoEspacios Naturales Protegidos ya sean Parques Naturales o Biotopos Protegidos y Reserva de la Biosfera de Urdaibai.

La ordenación de estas zonas no es objeto del PTS de zonas húmedas y se realiza de acuerdo con la normativa específica de cada uno de los espacios.

• Urdaibai (A1B3). Cuenta con el «Plan Rector de Uso y Gestión de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai» aprobado con fecha 3 de agosto 1993, y modificado por el Decreto 27/2003, de 11 de febrero, de modificación del Plan Rector de Uso y gestión de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai, que desarrolla la Ley 5/1989, de 6 de julio, de Protección y Ordenación de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai.
  
  
• Biotopo Protegido del área de Inurritza (A1G3) y su zona periférica de protección. Declarado mediante el Decreto 40/1997.
  
  
• Biotopo Protegido del Complejo Lagunar de Laguardia. Declarado mediante el Decreto 417/1995, y modificación posterior (Decreto 255/1998, de 29 de setiembre, por el que se modifica el Decreto de declaración del biotopo protegido de las Lagunas de Carralogroño (B8A2), Carravalseca (B8A3) y Prao de la Paul (FA64) para incluir en su ámbito territorial la Laguna de Musco (B8A6)).
  
  
• Trampales de Urkiola (B11B2). Incluidos en el Parque Natural de Urkiola.
  
  
• Charcas de Valderejo (GA16), Trampales de Polledo (B11A133), incluidos en el Parque Natural de Valderejo.
  
  
• Charcas de Altube (B4A1), Pantano del Gorbea I (EA8), Pantano del Gorbea II (EA9), Presa de Yondegorta (EB8), Pozo de Lamiogin (GA11), Turbera de Saldropo (B1B1), Turberas de Verdeoespesoa (B1B2), Trampales de Areatza (B11B3). Incluidas en el Parque Natural de Gorbeia.
  
  
• Embalse de Lareo (EG5). Incluido en el Parque Natural de Aralar.
  
  
• Charca de Biandiz (B3G2), Embalse de Añarbe (EG12). Incluidos en el Parque Natural de Aiako-Harria.
  
  
• Balsa de Riego de Apellaniz (EA1), Presa de Korres (EA5), Balsa de Riego en Quintana (FA35), Balsa de Riego de Urturi (FA36), Turberas de Arrizulo (B1A1), Zona de Los Ríos (B11A134). Incluidas en el Parque Natural de Izki.
  
  
• Turbera de Usabelartza (B1G1), Juncales de Villabona (B11G2). Incluidas en la zona periférica del Biotopo Protegido Río Leizaran.