La contaminación del agua es una modificación artificial de las características físico-químicas de la misma. De procedencia variada, los focos de contaminación de los ríos de la Comunidad Autónoma del País Vasco son fundamentalmente tres:

• Por un lado las industrias, que producen contaminantes muy diversos y de forma localizada. Su tratamiento es costoso pero ineludible.
  
• Por otro lado, están los vertidos producidos en los núcleos urbanos, con contaminantes orgánicos que se tratan en depuradoras de aguas residuales, de coste alto pero imprescindibles hoy en día para mantener adecuadamente la calidad del agua de los ríos.
  
  
• Para terminar, hay que citar los vertidos de explotaciones agropecuarias, que se producen de manera muy difusa y llegan al río a través de la escorrentía y las aguas subterráneas. Son muy difíciles de localizar y de tratar.

Tras años en los que la calidad del agua de muchos ríos de la Comunidad Autónoma del País Vasco ha sido muy baja debido a la industrialización y a la gran acumulación de población en los valles, la disminución de la cantidad de aguas residuales vertidas y la instalación de depuradoras posibilita un panorama más halagüeño. Así, ríos como por ejemplo el Urumea van recuperando sus características naturales e incluso permiten la presencia de salmones.