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La flora y la fauna del río son un claro reflejo del equilibrio que gozan los ecosistemas acuáticos. Una gran diversidad de especies, es decir, la aparición de un número elevado de animales y plantas junto al río o sumergidos en él indican una alta calidad ambiental. ibaialde ayuda a identificar actividades humanas como los vertidos industriales, las plantaciones forestales o las construcciones que inciden negativamente en la naturaleza del ecosistema y que originan un descenso de la diversidad biológica.
Rana común
Instituto de Estudios Territoriales de Bizkaia. Angel Domínguez.
La fauna del río es muy diversa y está compuesta por multitud de invertebrados, anfibios, algunos reptiles, distintas especies de peces, llamativas aves y algunos mamíferos que se acercan a él para beber u obtener comida.
Culebra de collar
CENEAM-O.A. Parques Nacionales.
Al describir la fauna fluvial de la Comunidad Autónoma del País Vasco se debe tener en cuenta que la composición de las agrupaciones animales no es igual en los tramos altos que en las desembocaduras y que la contaminación del agua afecta directamente a los habitantes del río, haciéndolos incluso desaparecer. Además, algunas especies, como la carpa y la bermejuela, son exclusivas de la vertiente mediterránea.
Nutria
CENEAM-O.A. Parques Nacionales
En otros casos la introducción de especies alóctonas ha modificado las poblaciones naturales del río. Entre las especies introducidas en los ríos de la Comunidad Autónoma del País Vasco destacan invertebrados como el cangrejo rojo y peces como el carpín dorado, la trucha arco-iris o el lucio.
Martín pescador
Instituto de Estudios Territoriales de Bizkaia. Angel Domínguez
Las especies piscícolas son las que mejor muestran esta sucesión de comunidades animales en el río.
Cerca de su nacimiento el río es rápido y sus aguas están bien oxigenadas. Es una zona dominada por las truchas y, en menor cantidad, aparecen el piscardo y la locha de roca. En la vertiente cantábrica también es posible observar anguilas. Sin embargo, algo más abajo aparecen todas esas especies pero el piscardo es más abundante.
Trucha común
Instituto de Estudios Territoriales de Bizkaia. Angel Domínguez.
En los cursos medios dónde el río es más tranquilo, el pez más abundante suele ser la loina, acompañada de piscardos, lochas de río y barbos. La trucha puede llegar a desaparecer y en la vertiente mediterránea es frecuente observar bermejuelas.
Loina
Instituto de Estudios Territoriales de Bizkaia. Angel Domínguez.
En las zonas de cauce ancho y más profundas que caracterizan a los ríos mediterráneos en su tramo bajo domina el barbo y también son habituales el piscardo, la loina, la colmilleja, la carpa, el blenio o la locha de roca. En la vertiente cantábrica existen muy pocos tramos bajos de estas características y por lo general están muy contaminados, con lo que la fauna piscícola es escasa.
Locha de roca
Instituto de Estudios Territoriales de Bizkaia. Angel Domínguez
Los tramos finales de los ríos norteños se funden con las aguas marinas que llegan con la marea y sus aguas son salobres. El pez más característico es la anguila y se observan mújoles, espinosos y peces planos acompañados de especies dulceacuícolas típicas como el piscardo, la loina o el barbo.
Muble
Instituto de Estudios Territoriales de Bizkaia. Angel Domínguez
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Para cerrar el capítulo de fauna se hace una mención particular a la presencia de cangrejos, especialmente al cangrejo autóctono, en muy mal estado de conservación, y al cangrejo señal, especie americana usada para repoblaciones que trajo consigo la afanomicosis o peste del cangrejo, enfermedad causada por un hongo y mortal para el cangrejo originario.