En la red fluvial que se estudia en ibaialde se incluyen tanto los principales cauces de los tres territorios, como otros que, muchos de los grupos participantes han ido sugiriendo por existir un interés particular en conocerlos o, simplemente, por tener una mayor facilidad de acceso.

La estructura de la red ibaialde se basa en dividir cada río en bloques de 5 km y tratar de asignar éstos a los grupos inscritos. Para un mejor detalle de cada bloque, éste se subdivide a su vez en unidades de 500 metros que es donde realmente se realiza el estudio de campo.