La Unión Europea aprobó en 1992 Directiva 92/43/UE relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la flora y fauna silvestres, conocida como Directiva de Hábitats. Posteriormente, en 1997, aprobó la Directiva 97/62/UE, en la que se adaptan al progreso científico, a su mejor conocimiento y definición, los hábitats naturales y las especies de los anexos I y II.

El objetivo perseguido por la Directiva de Hábitats, definido en su artículo 2, es la conservación de la biodiversidad en el territorio de la Unión Europea (UE), mediante la conservación de los hábitats naturales y las especies de flora y fauna silvestres. La Directiva define hábitats naturales como aquellas zonas terrestres o acuáticas diferenciadas por sus características geográficas, abióticas y bióticas, tanto si son enteramente naturales como seminaturales.

La clasificación de Hábitats de la directiva parte de numerosos trabajos previos de estudio y caracterización de hábitats realizados a nivel de la Unión Europea. Estas iniciativas han dejado a su paso herramientas de información igualmente útil: CORINE Biotopes, CORINE Land Cover, EUNIS, mapas de vegetación, etc.

Una de las primeras bases de datos creada en el contexto europeo fue CORINE Land Cover (CLC, 1985), basada en la cobertura y uso del suelo y cuyo objetivo es la recogida de información relacionada con el medio ambiente en ciertos aspectos prioritarios para la Unión Europea. Otros programas son: Corine Air, Corine Coastal Erosion, Corine Biotopes, etc. CLC describe la cobertura del suelo, y en segundo plano su uso, mediante tres niveles jerárquicos. El nivel 1 tiene 5 clases: superficies artificiales, áreas agrícolas, bosques y áreas seminaturales, humedales y cuerpos de agua, que se subdividen hasta alcanzar las 44 categorías en el nivel 3.

Un año más tarde surge CORINE Biotopes (1986), registro de los sitios de importancia de interés comunitario para la conservación de la naturaleza y precursor de la Red Natura 2000.

El European Nature Information System (EUNIS, 1997) nace de la mano de la Agencia Europea de Medioambiente (EEA) y la Red de Observación de Información Ambiental Europea (EIONET), y ha sido desarrollado y es gestionado por el Centro Temático Europeo de la Biodiversidad y la Protección de la Naturaleza (ETC/NPB en París) con el objetivo de desarrollar un marco comprensible para la clasificación y descripción de los hábitats de Europa. EUNIS define hábitat como "el lugar donde plantas y animales viven habitualmente, caracterizadas principalmente por sus parámetros físicos (suelo, clima, topografía, fisiología animal o vegetal, etc.), y en segundo término por las especies de plantas y animales que allí viven.

En general, la escala utilizada en la Clasificación de Hábitats de EUNIS es aquella ocupada por pequeños vertebrados, invertebrados de gran tamaño y plantas vasculares, similar a la que se ha venido utilizando en otros sistemas de clasificación. El límite inferior de tamaño de hábitat cartografiable es de al menos 100 m2, si bien se describen hábitats en escalas menores a 1 m2 (microhábitats). Se aceptan descripciones de hábitats  complejos, combinación o mosaico de hábitats individuales, de 10 ha de superficie y a menudo interdependientes. No hay límite superior.

La clasificación de EUNIS está jerarquizada en varios niveles, estando el primer nivel dividido en 10 categorías (de la A a la J). La categoría A incluye los hábitats marinos, y de la B a la J los terrestres. Esto es debido a que esta clasificación se ideó inicialmente para los sistemas terrestres, pero posteriormente los marinos se desarrollaron en el nivel 2, de tal manera que la descripción de los hábitats marinos del nivel 2 (A1 a A8) es similar a la descripción de los hábitats terrestres del nivel 1 (B a J).

La Directiva de Hábitats clasifica jerárquicamente los hábitats naturales de interés comunitario, prioritarios o no, y lo hace en 9 niveles descritos por un código de una sóla cifra:

1. Hábitats costeros y vegetaciones halofíticas
2. Dunas marítimas y continentales
3. Hábitats de agua dulce
4. Brezales y matorrales de zona templada
5. Matorrales esclerófilos
6. Formaciones herbosas naturales y seminaturales
7. Turberas altas, turberas bajas (fens y mires) y áreas pantanosas
8. Hábitats rocosos y cuevas
9. Bosques

Cada uno de estos nueve niveles se subdivide, a su vez, en diferentes apartados, descritos por un código de dos cifras.

Cada una de estas categorías engloba un hábitat de interés comunitario cuya conservación requiere la designación de zonas de especial conservación y que completan la Red Natura 2000. Este hábitat está descrito por un código de cuatro cifras o letras. Si aparece con un asterisco indica que ese hábitat está considerado como prioritario.